Есть три варианта выключения компьютера (я рассматриваю ОС Windows 7):

- Завершение работы - компьютер закрывает все работающие программы, службы и отключает питание, т.е. полностью выключается.
Плюсы: при включении оперативная память чистая, все программы и службы запускаются заново.
Минусы: в большинстве случаев после такого выключения компьютер долго включается, нужно заново запускать программы, которые "вхолодную" так же могут запускаться долго.

- Гибернация - компьютер записывает содержимое оперативной памяти в специальный файл - hiberfil.sys, который имеет размер соответствующий количеству оперативной памяти, а затем компьютер отключает питание. При включении компьютера данные переносятся обратно в оперативную память, поэтому нет необходимости завершать работу программ, а потом обратно из запускать.
Плюсы: выключение и включение происходит быстрее, не нужно заново запускать программы, не разрывается рабочий процесс.
Минусы: меньше свободного места на диске (думаю при нынешних среднестатистических HDD в 160-500Гб выделить пару гигабайт совсем не трудно, поэтому данный минус я считаю совсем незначительным), при подключении оборудования в выключенном состоянии при включении компьютера могут сбои, хотя сам я их никогда не видел.

- Сон - компьютер переходит в режим пониженного энергопотребления, отключая HDD, монитор, процессор, поддерживая только питание оперативной памяти (при прекращении подачи питания на оперативную память данные с нее стираются). Таким образом компьютер в режима сна не гудит и не греется.
Плюсы: включение и выключение занимает еще меньше времени, чем при гибернации.
Минусы: компьютер может проснуться от случайного движения мыши или удара по столу.

Я пользовался всеми этими режимами выключения долгое время, и теперь могу сделать определенные выводы:
- Режим гибернации является оптимальным решением и позволяет быстро выключать и особенно включать компьютер, абсолютно не заботясь о необходимости закрытия программ. Но если очень долго им пользоваться то компьютер может начать тормозить из-за накопления ненужных данных в оперативной памяти, фрагментации оперативной памяти, в общем, происходит накопление ошибок. Звучит довольно страшно и отталкивающе. На деле оказалось совсем не страшно, мой ноутбук проработал таким образом 37 дней, и проработал бы наверно больше, если бы не нужно было перезагружать компьютер при установке некоторых программ.

- После режима сна в моем ноутбуке перестает работать DVD-привод, связано ли это с версией Windows или с моделью ноутбука, я не знаю. Несмотря на то, что привод используется крайне редко, я предпочитаю не пользоваться режимом сна, дабы не оказаться в один прекрасный момент с нерабочим приводом. Также этим режимом не стоит пользоваться при работе от батареи ноутбука, так как, хоть и незначительно, сокращается время активной работы от батареи.

- Завершением работы следует пользоваться только при необходимости: либо при установке программного обеспечивания, требующего перезагрузку; либо при длительной работе и появлении сбоев и "тормозов".

Таким образом, ответим на вопрос, как правильно выключить компьютер?
Я рекомендую гибернацию, так как программы не завершаются, а питание отключается. Если же вы покидаете компьютер ненадолго, то я рекомендую вообще его не выключать, а просто запустить скринсейвер.